Last Order commence lorsque la nanotechnologie de Desty Nova ressuscite Alita dans la ville flottante de Tiphares. Les noirs secrets de la ville sont vicieusement exposés, mais cela semble être une petite partie d'un monde compliqué. Se rendant dans l'espace avec des entreprises anciennes et nouvelles pour en savoir plus sur son passé oublié et également, à la recherche de son ami perdu Lou Collins, Alita est prise dans une bataille interplanétaire entre les principales puissances du système solaire colonisé. Sur le chemin, elle forme une alliance avec trois des répliques d'Alita qui ont maintenant commencé à croire par elles-mêmes, un superhacker peu recommandable, et Nova lui-même lorsqu'elle participe au tournoi Zenith of Things (ZOTT), un concours de combat organisé tous les 10 ans. Y compris la façon dont la Terre est apparue après un hiver d'impact cataclysmique qui a anéanti la majorité du public tout au long du récit, plus d'histoire concernant le cadre de Battle Angel Alita qui n'avait pas été divulguée dans la chaîne précédente est montrée.
