Suite à l'incident de détournement de mer des Tuatha de Danaan, les choses sont revenues à la normale au lycée Jindai de Tokyo, ou aussi normales qu'elles le sont avec Sousuke gardant Kaname. Après avoir découvert qui a trahi Mithril et causé l'incident de vol de mer, Kurz et Mao sont envoyés dans une mission top secrète afin de capturer et de ramener le traître.
Cependant, la vie de Sousuke et Kaname est sur le point de changer lorsqu'ils rencontrent Leonard Testarossa, un membre de haut rang d'un groupe mystérieux nommé Amalgam. Après leur rencontre, Leonard l'avertit qu'il ferait n'importe quoi pour la recruter même si cela signifiait la guerre dans les rues de Tokyo.
