Medaka Box

Le scénario suit Medaka Kurokami, un élève de première année magnétique et attrayant de l'Académie Hakoniwa qui est élu président du conseil étudiant avec 98% des voix. Elle adresse ces pétitions de manière inappropriée et, avec toute l'aide de son copain d'enfance Zenkichi Hitoyoshi, crée une boîte à suggestions. Sur la durée du récit, les places de leadership du conseil étudiant sont distribuées par elle à d'autres élèves comme Mogana Kikaijima et Kouki Akune.

Le Conseil étudiant apprend que le président de l'académie veut lancer un travail d'expérimentation puissante sur des élèves de routine, le plan Flask, appelé Normals, afin que vous puissiez les transformer en anormaux, ce sont des gens avec des pouvoirs surhumains. Le Conseil des élèves entre en conflit avec d'autres élèves impliqués dans l'emploi et s'infiltre dans le laboratoire secret de l'école.

Peu de temps après, Misogi Kumagawa qui souhaite remplacer le Conseil des étudiants par l'un des siens de Medaka se lance dans un championnat du Conseil des étudiants. De ses pouvoirs, deux élèves sont descellés après la défaite de Kumagawa et achèvent leur transport à l'Académie Hakoniwa. Les 2 ont tendance à être plus forts que les anormaux et sont surnommés «pas égaux». Leur chef, Anshin'in, menace de redémarrer le plan Flask une fois que Medaka aura obtenu son diplôme, conduisant leurs successeurs à être formés par le Conseil des étudiants. Néanmoins, la stratégie exacte d'Anshin'in serait d'avoir le statut de président du conseil étudiant de Zenkichi usurp Medaka. Zenkichi réussit et le fait sous prétexte d'améliorer la vie étudiante. Il convainc Medaka d'autoriser le plan Flask pour les personnes qui ne le veulent pas.

Retirée de ses responsabilités de présidente du Conseil des étudiants, Medaka s'engage prochainement dans un championnat pour déterminer son mari. Medaka devient la gagnante, choisissant d'épouser Zenkichi après leur diplôme et leur entrée. Peu de temps après, le copain proche Hansode Shiranui de Zenkichi quitte l'école. Zenkichi et Medaka découvrent qu'elle finira par être un autre hôte pour Iihiko Shishime, un être de 5000 ans. Il est vaincu par le medaka et disparaît après avoir quitté la lune pour ne pas s'écraser vers la Terre, simplement pour réapparaître à temps pour le service de fin d'année. Après son retour, assumez la position de son père devant le conglomérat d'entreprise de sa famille, le groupe Kurokami, pour revenir plus tard alors que la nouvelle présidente et Medaka décident de quitter l'académie. Dix ans plus tard, Zenkichi avait gravi les échelons du groupe Kurokami, devenant une travailleuse de haut niveau avant de se réunir avec elle, les deux jurant de ne plus jamais se séparer.