Dans AG 101 (la 101e année du calendrier de la génération avancée), une mystérieuse entité connue uniquement sous le nom de «UE», ou «ennemi inconnu», attaque et détruit la colonie spatiale Angel. Cette attaque brutale devient tristement célèbre sous le nom de «Le jour où l'ange est tombé» et marque le début de la guerre de l'humanité pour la survie. La série commence en AG 108 lorsque l'UE attaque la colonie spatiale Ovan, où Flit Asuno vit maintenant après avoir échappé à la colonie Angel avant sa destruction. La mère de Flit peu de temps avant d'être tuée par l'UE, elle donne à son fils un objet appelé «AGE Device». À l'intérieur, il découvre les plans d'une arme puissante du passé - l'ancien messie nommé «Gundam».
À partir de ces plans, Flit passe les prochaines années à étudier l'ingénierie dans une base de la Fédération de la Terre sur la colonie spatiale Nora et à concevoir le Gundam AGE-1. Sept ans plus tard, en AG 115, Flit complète le Gundam AGE-1 Normal, tout comme l'UE attaque Nora, et l'utilise pour aider l'équipage du cuirassé de la Fédération «Diva» à évacuer les citoyens de la colonie avant sa destruction. Déterminé à livrer la bataille à l'UE pour avoir détruit sa maison deux fois, Flit accepte de servir dans l'équipe de combinaison mobile de Diva pilotant le Gundam. Après avoir obtenu suffisamment de données et de puissance militaire pour établir un plan d'action, l'équipage de Diva et ses alliés lancent une attaque réussie qui détruit la forteresse secrète de l'UE dans l'astéroïde Ambat. Là, ils apprennent que les UE sont en fait les descendants d'une mission humaine censée échouer envoyée pour coloniser Mars, laissée pour morte par la Fédération de la Terre, qui a formé leur propre nation sur la planète rouge appelée Veigan.
