UC 0097, un an après l'ouverture de «Laplace's Box».
Malgré la révélation de la Charte universelle du siècle qui reconnaît l'existence et les droits des Newtypes, le cadre du monde n'a pas été considérablement modifié.
On pense que le conflit, plus tard surnommé «l'incident de Laplace», s'est terminé avec la chute des vestiges de Neo Zeon connus sous le nom de Sleeves. Dans sa bataille finale, deux combinaisons mobiles à cadre psycho complet ont affiché une puissance au-delà de la compréhension humaine. La licorne blanche et le lion noir ont été scellés pour éliminer ce danger de la conscience des gens, et ils devraient maintenant être complètement oubliés.
Cependant, le RX-0 Unicorn Gundam 03, qui a disparu deux ans plus tôt, est maintenant sur le point de se montrer à nouveau dans la sphère terrestre. Un phénix doré… nommé Phenex.
