L'espace extra-atmosphérique, l'avenir lointain. Un seul navire à graines, le Sidonia, sillonne le vide, dix siècles après l'effacement du système solaire. Les formes de vie extraterrestres massives, presque indestructibles, mais à peine sensibles qui ont détruit le monde natal de l'humanité continuent de représenter une menace existentielle. Nagate Tanikaze n'a connu la vie que dans les entrailles du vaisseau au-dessous des strates étincelantes où les humains ont atteint la photosynthèse et de nouveaux genres. Peu de temps après avoir émergé du métro, cependant, le jeune héritier d'un héritage précieux par la capitaine coolheaded du vaisseau spatial.
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