L'histoire de Kanon, qui se déroule au milieu de l'hiver, concerne un groupe de cinq filles reliées au même garçon. Yuichi Aizawa, le principal protagoniste, avait visité la ville où se déroule l'histoire sept ans avant le début de l'histoire.
Au début, Yuichi est très détaché de la ville et de ses habitants. Avant son retour, il est décidé qu'il restera avec sa cousine Nayuki Minase et sa mère Akiko. Après sa longue absence, Yuichi a presque tout oublié, à l'exception de petits détails sur ce qui s'est passé sept ans auparavant et a besoin qu'on lui rappelle ce qu'il a laissé derrière lui.
Le lendemain du retour de Yuichi, il est sorti avec Nayuki qui lui fait visiter la ville. Nayuki se souvient qu'elle doit acheter des choses pour le dîner et Yuichi est réticent à l'accompagner, arguant qu'il pourrait se perdre. Quelques instants après que Nayuki l'ait laissé attendre sur le trottoir, une étrange fille nommée Ayu Tsukimiya fait irruption en lui sans avertissement. Après sa convalescence, elle l'emmène dans un café voisin et avoue avoir volé par inadvertance un sac rempli de taiyaki après avoir été accidentellement effrayée par le vendeur avant d'avoir eu la chance de payer. Yuichi ramène alors Ayu au vendeur, ils s'excusent tous les deux pour le problème, et Ayu est pardonné. Ils décident de se revoir un autre jour et Ayu s'en va.
Yuichi n'est pas au courant au début, mais trois autres filles qu'il avait oubliées le connaissent. Tout au long de l'histoire, alors qu'il apprend les nuances surnaturelles de la ville, Yuichi se souvient de chaque fille et des événements d'il y a sept ans dans la ville couverte de neige.
