Ce manga se déroule dans une école où les élèves sont basés sur des shoguns célèbres de l'histoire japonaise. Sengoku Gakuen était autrefois comme une école normale mais Oda Nobunaga, la présidente étudiante a renversé les enseignants et les a pratiquement rendus impuissants. Il a construit une école des étudiants, pour les étudiants et par les étudiants. Nobunaga a finalement obtenu son diplôme et a laissé Hideyoshi en charge en tant que président étudiant. Cependant, Hideyoshi abandonne bientôt l'école pour aider Nobunaga à gouverner le Japon alors qu'il dirigeait Sengoku Gakuen.
L'histoire reprend ici car il y a une bataille entre Ishida Mitsunari, un garçon droit et conservateur, mais travailleur, et Tokugawa Ieyasu, le président de l'école temporaire qui a beaucoup d'adeptes, se battant pour le siège de président de l'école. Nous voyons également d'autres personnalités célèbres comme des camarades de classe comme Ootani Yoshitsugu qui suit fidèlement Mitsunari et Oichi, la sœur cadette de Nobunaga. Qui va gagner le poste de président du corps étudiant et prendre le commandement de l'école?
