L'histoire se déroule dans le lointain village de montagne d'Okukozome-chou. Haruka Kazugano et sa sœur jumelle Sora ont de bons souvenirs d'enfance d'être allés au village rendre visite à leur grand-père pendant leurs vacances d'été. Cependant, après avoir perdu leurs parents dans un accident, les deux doivent emménager avec leur grand-père.
Les jumeaux renouent avec leur vieil ami d'enfance Nao Yorihime, leur nouveau camarade de classe Ryouhei Nakazato, la miko (jeune fille du sanctuaire) Akira Amatsume et l'ami d'Akira Kazuha Migiwa. Tout semble paisible et familier. Cependant, sous la surface se cache une promesse secrète que les jumeaux se sont faite il y a longtemps, la localisation d'un objet perdu important et la vraie raison pour laquelle ils ont choisi de revenir ici.
